Использование flash по назначению

Проблемы не установленного FlashPlayer`a у пользователя.
Эта проблема уже давно сошла на нет, сейчас плеер не стоит у очень не существенно количества пользователей. Это можно наглядно увидеть в статистике от adobe, безусловно статистика для руНета другая, но она отличается не сильно.

При наведении курсора на ссылку в строке состояния браузера не отображается соответствующий им адрес.
Если подобное необходимо реализовать, то это достаточно просто делается с помощью JavaScript.

Не поддерживается подсветка уже посещённых ссылок.
Эта проблема тоже решаема с помощью SharedObject мы можем сохранять уже посещённые ссылки и подсвечивать их во флеше должным образом.

Нельзя увеличить размер шрифта для людей с ослабленным зрением.
Почему же нельзя. Если разработчик заранее учёл это в своём проэкте, то добавить такую возможность очень даже не сложно.

Не работает стандартная функция браузера по поиску на странице.
Стандартная не работает, но никто нам не мешает добавить свою.